Durante los pasados veinte años, se ha propuesto que el manejo de recursos naturales debe hacerse con un enfoque ecosistémico, es decir, incluyendo a todo el ecosistema. El manejo debe mantener o mejorar al ecosistema y debe proporcionar una variedad de bienes y servicios a las generaciones presentes y a las futuras.
Entre los ingredientes del manejo de ecosistemas están:
Las actividades humanas, como la extracción de madera, plantas, fauna, la agricultura, ganadería, desarrollo urbano y de infraestructura, modifican las características originales de los ecosistemas. Algunas de estas actividades cambian la composición de especies o su abundancia, otras modifican completamente al ecosistema.
En muchos casos, si queremos seguir obteniendo los servicios ambientales y los recursos que los ecosistemas nos proporcionan es necesario restaurarlos, es decir, necesitamos reconstruir sus características originales. Esto que suena tan sencillo, no lo es. En primer lugar, para la mayoría de los ecosistemas desconocemos cuáles eran sus características originales, qué especies dominaban el paisaje, en qué abundancia, etc., ya que la influencia de las actividades humanas puede tener cientos o miles de años.
En segundo lugar, es necesario tener un buen conocimiento de los procesos de perturbación natural de la región y de la sucesión vegetal para ir reconstruyendo el suelo, la composición (tipos de especies) y estructura (abundancia relativa) de plantas y animales que devuelva las funciones del ecosistema.
Al estudio de los procesos de renovación de ecosistemas degradados o destruidos se le conoce como ecología de la restauración.