La ENBioMex tiene una misión, una visión al 2030 y 14 principios rectores. El plan de Acción está integrado por seis ejes estratégicos, 24 líneas de acción y 160 acciones. Su estructura semeja a la de una casa, donde los cimientos son los ejes de Conocimiento y Educación, comunicación y cultura ambiental; los pilares son Conservación y restauración, Uso y manejo sustentable, y Atención a los factores de presión que buscan incrementar las acciones que impactan de manera positiva a la biodiversidad y disminuir las causas directas de la pérdida de ésta. Por último, el techo de la casa lo constituye el eje de Integración y gobernanza que busca reforzar la instrumentación de las acciones mediante el fortalecimiento de la coordinación entre actores y sectores, la armonización del marco jurídico, la promoción de la integración y la cooperación.
Establecer las bases para impulsar, orientar, coordinar y armonizar los esfuerzos de gobierno y sociedad para la conservación, el uso sustentable y el reparto justo y equitativo de los beneficios derivados del uso de los componentes de la diversidad biológica y su integración en las prioridades sectoriales del país.
En el 2030 se mantiene la biodiversidad y la funcionalidad de los ecosistemas, así como la provisión continua de los servicios ecosistémicos necesarios para el desarrollo de la vida y el bienestar de las mexicanas y los mexicanos; gobierno y sociedad están comprometidos con la conservación, uso sustentable y la distribución justa y equitativa de los beneficios derivados de la biodiversidad.
La ENBioMex establece los siguientes principios como marco de referencia para que los actores involucrados en su implementación los consideren como referentes en su actuación:
La coordinación para la colaboración efectiva entre los actores involucrados en su implementación y seguimiento, para facilitar el trabajo conjunto y evitar la duplicidad de esfuerzos.
La corresponsabilidad en la gestión de la biodiversidad entre gobierno y sociedad de forma democrática, justa y equitativa.
La transversalidad en el diseño e instrumentación de todas las políticas públicas y en la toma de decisiones.
La participación abierta y organizada entre los diferentes sectores de la sociedad.
El principio precautorio ante amenazas de reducción o pérdida sustancial de la diversidad biológica.
El reconocimiento y el respeto a la diversidad cultural en el diseño e implementación de estrategias locales que promuevan la conservación y el uso sustentable de la biodiversidad.
La igualdad de derechos, oportunidades y condiciones entre hombres y mujeres para la toma de decisiones.
Inclusión y no discriminación para evitar cualquier distinción, exclusión o restricción que tenga por efecto impedir o anular el reconocimiento o el ejercicio de los derechos y la igualdad de oportunidades.
Transparencia y rendición de cuentas de las instituciones y actores involucrados en la implementación de la ENBioMex.
La sustentabilidad como base para la conservación y el uso de la biodiversidad que contribuya al desarrollo, a la satisfacción de las necesidades básicas y a la calidad de vida de las generaciones presentes y futuras.
La ética para promover la conciencia, la valoración y la importancia de la biodiversidad.
La utilización de la mejor información disponible en la toma de decisiones.
La justicia ambiental y social para lograr el bienestar humano en un contexto de sustentabilidad.
El reparto justo y equitativo de los beneficios derivados de la utilización de la biodiversidad y sus componentes.