La regionalización, como herramienta de clasificación, incluye el establecimiento de unidades geográficas temáticas que pueden ser de tipos muy diversos como las regiones geoeconómicas, geopolíticas o biológicas. Las regionalizaciones biológicas y las de vegetación comprenden distintos rasgos del relieve, clima, suelos, hidrografía, flora y comunidades vegetales, así como otros recursos naturales, cuya cuantificación y categorización se ha utilizado con el objetivo de planear e invertir fondos para la conservación de la biodiversidad (Olson y Dinerstein 1998; Arriaga et al. 2009).
Uno de los primeros referentes en el país para planear e invertir fondos para la conservación y conocimiento de la biodiversidad fueron los ejercicios de regionalización coordinados por la CONABIO entre 1998 y 2000, que contaron con el apoyo de diversas instituciones gubernamentales y no gubernamentales como la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP), el Instituto Nacional de Ecología (actualmente Instituto Nacional de Ecología y Cambio Climático, INECC), el Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza (FMCN), Pronatura, A.C., la Fundación David y Lucile Packard, el Fondo Mundial para la Naturaleza (WWF), la Agencia Estadounidense para el Desarrollo Internacional (USAID), The Nature Conservancy (TNC. Se realizaron talleres multidisciplinarios para delimitar las regiones prioritarias para la conservación de la biodiversidad: terrestres (RTP), marinas (RMP) e hidrológicas (RHP), con el fin de identificar zonas de la mayor importancia en cuanto a la riqueza de especies, presencia de organismos endémicos y áreas con un mayor grado de integridad ecológica, así como aquéllas con mayores posibilidades de conservación en función a aspectos sociales, económicos y ecológicos.
Por otro lado, el programa sobre las áreas de importancia para la conservación de las aves (AICA), fue convocado por asociaciones científicas de ornitólogos, (Pronatura, la Cipamex y BirdLife International), en el marco del Programa Áreas de Importancia para la Conservación de las Aves establecido en 1996, y cuyo propósito fue la identificación en todo el mundo de una red de sitios importantes para el mantenimiento a largo plazo de poblaciones de aves. Inició con apoyo de la Comisión para la Cooperación Ambiental de América del Norte (CCA) para crear una red regional de áreas importantes para la conservación de las aves. Durante 1998 se delimitaron 219 AICA durante talleres de especialistas en las regiones noreste, noroeste, sur y centro de México. La Coordinación de la Iniciativa para la Conservación de las Aves de América del Norte (NABCI, CONABIO) y el Programa Nacional de Aves de Pronatura coordinaron en 2015 la revisión y actualización de la red de AICA en México para sumar un total de 243 AICA, en donde es posible observar al cerca del 95% de las especies del país.
Las regiones prioritarias para la conservación de la biodiversidad y las AICA, que en su conjunto abarcan 60% del territorio continental, han sido un marco importante para la planeación y el destino de recursos financieros, institucionales y humanos en materia de conocimiento y conservación de la biodiversidad en el país, a pesar de no ser un instrumento oficial (Arriaga et al. 2009; Koleff et al. 2009). Asimismo, preceden a los análisis de vacíos y omisiones en conservación del sistema de áreas protegidas con el que se llevaron a cabo con un enfoque de la planeación sistemática de la conservación a partir de un crecimiento importante de información espacial para diversos grupos taxonómicos en el Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad, lo que permitió, considerar numerosos elementos de la biodiversidad y determinar las prioridades con mayor detalle.