Las especies en riesgo son aquéllas que sus poblaciones han ido disminuyendo debido a actividades humanas como la transformación de su hábitat, sobreexplotación, interacciones con especies invasoras, efectos de la contaminación, al punto que se considera necesario protegerlas. En México se utilizan cuatro categorías para las especies que se encuentran en riesgo, publicadas en la Norma Oficial Mexicana 059 (NOM-059).
Aquella especie nativa de México cuyos ejemplares en vida libre dentro del territorio nacional han desaparecido, hasta donde la documentación y los estudios realizados lo prueban, y de la cual se conoce la existencia de ejemplares vivos, en confinamiento o fuera del territorio mexicano.
Aquellas especies cuyas áreas de distribución o tamaño de sus poblaciones en el territorio nacional han disminuido drásticamente poniendo en riesgo su viabilidad biológica en todo su hábitat natural, debido a factores tales como la destrucción o modificación drástica del hábitat, aprovechamiento no sustentable, enfermedades o depredación, entre otros. (Esta categoría coincide parcialmente con las categorías en peligro crítico y en peligro de extinción de la clasificación de la IUCN).
Aquellas especies, o poblaciones de las mismas, que podrían llegar a encontrarse en peligro de desaparecer a corto o mediano plazos, si siguen operando los factores que inciden negativamente en su viabilidad, al ocasionar el deterioro o modificación de su hábitat o disminuir directamente el tamaño de sus poblaciones. (Esta categoría coincide parcialmente con la categoría vulnerable de la clasificación de la IUCN).
Aquellas especies o poblaciones que podrían llegar a encontrarse amenazadas por factores que inciden negativamente en su viabilidad, por lo que se determina la necesidad de propiciar su recuperación y conservación o la recuperación y conservación de poblaciones de especies asociadas. (Esta categoría puede incluir a las categorías de menor riesgo de la clasificación de la IUCN).
Las cuatro categorías anteriores son parte del instrumento legal que protege a las especies en riesgo en México: la Norma Oficial Mexicana 059. El primer listado de especies en riesgo data de 1994, cuando se publicó por primera vez esta norma (NOM-059-ECOL-1994; DOF, 1994) para determinar las especies de flora y fauna terrestres y acuáticas en peligro de extinción, amenazadas, raras o sujetas a protección especial.
En 2002 culminó un primer ejercicio para la modificación de dicha norma (NOM-059-SEMARNAT-2001, SEMARNAT, 2002). Esta nueva versión presentó criterios más objetivos para la inclusión de especies, información mínima necesaria y mayor precisión en las categorías. Se eliminó la categoría "rara", y se incluyó la categoría "probablemente extinta en el medio silvestre". Además, se definió el "Método de evaluación del riesgo de extinción de especies silvestres en México (MER)", entre otros cambios. El MER tiene el objetivo de justificar y documentar los factores de riesgo de extinción que operan sobre las especies. En principio, el MER debía ser aplicado indistintamente a las especies de los diferentes grupos biológicos y se basó en cuatro criterios:
Dichos criterios son independientes entre sí y la sumatoria de todos ellos resulta en una evaluación acumulativa de riesgo.
En el año 2010, se publicó una actualización de la norma (NOM-059-SEMARNAT-2010, SEMARNAT, 2010), misma que incorporó el Método de Evaluación del Riesgo de extinción de plantas en México. Así, esta versión de la norma contiene el MER general, que aplica a los grupos de animales y hongos (Anexo normativo I) y el MER de plantas (Anexo normativo II). En noviembre de 2019 se publicó la actualización del anexo III (lista de especies), con lo que actualmente hay 2678 especies enlistadas.
Sin embargo, a medida que el MER se ha ido aplicando a distintos grupos y especies, es evidente que requiere de modificaciones específicas para distintos grupos biológicos.
A la fecha, la CONABIO, junto con grupos de trabajo ad-hoc, ha realizado tres talleres de evaluación en el marco de la norma (NOM-059-Semarnat-2010) para distintos grupos y se han requerido modificaciones del MER para cada grupo. También se reevaluó y publicó una nueva metodología de evaluación tomando como estudio de caso a los anfibios.