El Grupo de Países Megadiversos Afines (Like-minded Megadiverse Countries – LMMC – en inglés) fue creado por iniciativa de México en febrero de 2002, cuando el Gobierno mexicano convocó a Ministros de Medio Ambiente y representantes de Brasil, China, Colombia, Costa Rica, Ecuador, India, Indonesia, Kenia, México, Perú, Sudáfrica y Venezuela a reunirse en Cancún para desarrollar una agenda común en materia de biodiversidad, particularmente en materia de utilización de los recursos genéticos y distribución justa y equitativa de sus beneficios, temas que se encontraban pendientes en la agenda internacional en materia ambiental desde la entrada en vigor del Convenio sobre la Diversidad Biológica (CBD) en 1993.
Como resultado de esta reunión ministerial de países megadiversos, denominados así por la gran diversidad de especies y ecosistemas que poseen, se adoptó la Declaración de Cancún de Países Megadiversos Afines, mediante la cual se estableció el Grupo de Países Megadiversos Afines como un mecanismo de consulta y cooperación en temas de interés común para promover la conservación y uso sostenible de la biodiversidad de los países megadiversos en desarrollo.
En abril de 2002 se incorporaron Bolivia y Malasia, y en junio de ese mismo año Filipinas, con lo que este grupo de países afines albergaba ya aproximadamente el 70% de la biodiversidad del planeta. En 2010, durante la COP-10, en Nagoya, Japón, se sumaron Guatemala e Irán.
La conformación de este grupo ha servido como bloque de negociación para conformar una posición tanto en temas relacionados al acceso y reparto de beneficios de los recursos genéticos en el marco del CBD, como en temas de relevancia para los países megadiversos en desarrollo en las agendas globales de biodiversidad en otros foros multilaterales.