Conferencia de las Partes: Es el órgano supremo de la Convención integrado por todas las Partes. Cada dos o tres años se reúne para revisar la aplicación de la Convención.
Comité Permanente: Su principal papel es proporcionar orientación política a la Secretaría en lo que concierne a la aplicación de la Convención y supervisar la administración del presupuesto de la Secretaría. También realiza actividades en nombre de la CoP entre reuniones de la misma. Está conformado por representantes de las 6 regiones CITES.
Comité de Fauna y de Flora: Una de las funciones de los Comités de Fauna y de Flora es la preparación de guías regionales para cada una de las seis regiones de la CITES. En estas guías se ofrece una lista de los zoólogos y botánicos especialistas en especies incluidas en los Apéndices de la CITES en cada Parte.
ONU Medio Ambiente: El Programa de las Naciones Unidas para el Medio Ambiente (ONU Medio Ambiente) colabora con la CITES así como con muchos otros convenios multilaterales, una de sus principales funciones es administrar las bases de datos de comercio y de especies en los Apéndices de la CITES.
Secretaría de la CITES: Órgano que se encarga de proporcionar asesoramiento a las Partes sobre la aplicación de la Convención, de organizar reuniones, de ofrecer material de referencia y asistencia técnica, actuar como base central de la información, asistir en las comunicaciones y supervisar la aplicación de la Convención a fin de garantizar que se respeten sus disposiciones.