En 1933 se crea la Escuela de Bacteriología por una comisión de maestros de la Escuela Nacional Preparatoria de la UNAM. La Escuela se funda dentro de la efímera Universidad “Gabino Barreda” con la aceptación de su Rector Vicente Lombardo Toledano. La escuela de Bacteriología se abrió el 28 de enero de 1934. Su primer director fue Leopoldo Ancona Hernández. La escuela ofrecía la carrera de Bacteriólogo. Sin embargo, al transformarse en la Universidad Obrera Nacional, en 1935 se cerró la carrera, transformándose en la Escuela de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional.

La Escuela Nacional de Ciencias Biológicas se fundó en los terrenos de la Hacienda de Santo Tomás de los Tepetates y desde entonces se conoce como "El casco de Santo Tomás", bajo el mandato del presidente Lázaro Cárdenas (1934-1940). El primer director del Instituto Politécnico fue Juan de Dios Bátiz Paredes en 1936.

En 1938 se inció la impartición de las licenciaturas de Botánico, Zoólogo, Antropólogo Hidrobiólogo, Entomólogo, Químico Bacteriólogo y Parasitólogo, Médico Rural, Químico Zimólogo e Higienista Dietólogo.

La Escuela se benefició grandemente de la llegada de los exiliados españoles que con motivo de la Guerra Civil Española fueron recibidos en México. Muchos profesionales de las ciencias biológicas llegaron en 1939 y principios de los 40s e ingresaron como profesores a la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas. Entre ellos estaban Ramón Álvarez Buylla, Modesto Bargalló Ardévol, Adela Barnés, Cándido Bolivar Pieltain, Federico Bonet Marco, Pedro Carrasco, Manuel Castañeda Agulló, Gómez Vinuenza, Carlos Velo, Bibiano Fernández Osorio-Tafall, Enriqueta Ortega Feliú, Enrique Rioja, Faustino Miranda, Juan De Oyarzabal, Serafina Palma, Dionisio Peláez y María Teresa Toral, entre muchos otros.