La sociedad se fundó en 1868 y entre todas las sociedades científicas mexicanas, es la segunda más antigua que sigue activa. La primera es la Sociedad Mexicana de Geografía y Estadística fundada el 18 de abril de 1833. Nos reuníamos cada semana en el Museo Nacional a una cuadra del zócalo.
1868 29 de Agosto. Un año después de terminar el Imperio de Maximiliano (1864-1867) se constituye la Sociedad Mexicana de Historia Natural, siendo sus fundadores diez naturalistas: José Joaquín Arriaga, Antonio del Castillo, Francisco Cordera y Hoyos, Gumesindo Mendoza, Alfonso Herrera Fernández (padre), Antonio Peñafiel, Manuel Río de la Loza, Jesús Sánchez, Manuel Urbina y Altamirano, y Manuel M. Villada.
Al fundarse se definen las siguientes secciones: 1) Zoología, 2) Botánica, 3) Mineralogía, geología y paleontología, 4) Ciencias auxiliares y 5) Agricultura.
1868 6 de Septiembre. Se celebra la primera sesión de la SMHN bajo la presidencia de Antonio del Castillo
1869 Se aprueban los estatutos de constitución de la SMHN. El artículo primero establecía tres finalidades para la SMHN: 1) Dar a conocer la Historia Natural de México y, por consiguiente, fomentar el estudio de la misma en todas sus ramas y en todas sus aplicaciones; 2) Reunir y publicar los trabajos de profesores nacionales y extranjeros, relativos a los productos indígenas; 3) Formar colecciones de objetos pertenecientes a los tres reinos de la naturaleza.
1869 Inicia la publicación de la primeria serie del Periódico de la SMHN La Naturaleza (Volúmenes 1 a 7)
1870 Leopoldo Río de la Loza (1807-1876), químico farmacéutico nacido en la Ciudad de México, inicia su período como presidente de la Sociedad
1872 Alfonso Herrera Fernández, farmacéutico y naturalista nacido en la Ciudad de México, inicia su período como presidente de la Sociedad
1874 Alfonso Herrera Fernández es nombrado profesor de Historia Natural en la Escuela Preparatoria
1875 Ramón I. Alcaraz inicia su período como presidente de la Sociedad
1876 Gumesindo Mendoza funge como Director del Museo Nacional.
1877 Mariano de la Bárcena inicia su período como presidente de la Sociedad
1878 En la sesión del décimo aniversario de la SMHN, presidida por Porfirio Díaz Presidente de México, se entregaron premios a los socios más destacados: el de Zoología a Alfredo Dugés, Eugenio Dugés y José María Velasco, el de Botánica a Alfonso Herrera y Fernando Altamirano, el de Geología a Antonio del Castillo, Severo Navia, Mariano de la Bárcena y J.V. Mallet.
1879 El médico naturalista Gumesindo Mendoza inicia su período como presidente de la Sociedad
1880 Mariano de la Bárcena inicia por segunda ocasión su período como presidente de la Sociedad
1881 Manuel M. Villada inicia su período como presidente de la Sociedad
1883 Alfonso Herrera Fernández inicia por segunda ocasión su período como presidente de la Sociedad
1885 José Ramírez inicia su período como presidente de la Sociedad
1886 A iniciativa de Antonio del Castillo se crea la Comisión de Geología y el Instituto Geológico
1887 Inicia la publicación de la segunda serie del Periódico de la SMHN La Naturaleza (Volúmenes 1 a 3)
1888 Se crea el Instituto Médico Nacional en el que se realizan trabajos de etnobotánica
1894 Fernando Altamirano Carbajal (1848-1908), médico y naturalista nacido en Aculco, Estado de México, inicia su período como presidente de la Sociedad
1895 Manuel Urbina y Altamirano (1843-1906), botánico, primo de Fernando Altamirano, inicia su período como presidente de la Sociedad
1896 José Ramírez inicia por segunda ocasión su período como presidente de la Sociedad
1898 El ingeniero agrónomo José Carmen Segura (1846-1906) inicia su período como presidente de la Sociedad
1903 Manuel M. Villada y Jesús Sánchez sostuvieron la SMHN con los pocos recursos disponibles.
1909 La sección de Historia Natural del Museo Nacional se traslada al edificio del Chopo y se convierte en el Museo Nacional de Historia Natural bajo la dirección del médico José de Jesús Sánchez
1910 Inicia la publicación de la tercera serie del Periódico de la SMHN La Naturaleza (5 fascículos)
1913 1 de Diciembre. Se inaugura el Museo Nacional de Historia Natural en el Chopo.
1914 Última publicación de La Naturaleza. Esta publicación al final de su vida reunión más de 690 trabajos en 11 volúmenes de 3 series. En esta publicación aparecieron textos de Linneo, Darwin, Humboldt, Alzate, Cervantes, Sessé, Mociño, Lejarza y De la Llave.
1914 26 de Junio. Después de un período de actividad irregular, y luego de 46 años de haber sido fundada, ocurre una última sesión de la primera época y la Sociedad entra en receso debido a la Revolución Mexicana
1923 El Museo de Historia Natural se agrupa con el Instituto Médico Nacional y el Museo de la Comisión Geográfico Exploradora para formar la Dirección de Estudios Biológicos, y que daría lugar en 1929 al Instituto de Biología de la Universidad Nacional Autónoma de México
SEGUNDA ÉPOCA
1936 23 de Diciembre. Gracias a los esfuerzos del Dr. Enrique Beltrán, Angel Roldán, José Alcaraz y otros, la SMHN se re-organiza e inicia su segunda época. El evento se realizó en el Salón de Sesiones "Antonio Alzate" de la Academia Nacional de Ciencias
1936 Jesús Díaz Barriga (1926-1932), médico guanajuatense, inicia su período como presidente de la Sociedad
1937 16 de abril. Se ratificaron los estatutos de la SMHN en su segunda época, y se eligió como escudo para la Sociedad al “camaleón´de montaña” mexicano Phrynosoma orbiculare.
1937 La SMHN realiza una excursión biológica al lago de Pátzcuaro, Michoacán
1938 Manuel Martínez Báez, (1894-1987) médico patólogo nacido en Michoacán, inicia su período como presidente de la Sociedad
1938 Carlos de la Torre Huerta (1850-1950), decano de los naturalistas cubanos, fue aceptado como el primer Socio Honorario de la Sociedad.
1938 Emile Brumpt (1877-1951) y Theodosius Dobzhansky (1900-1976), pilar de la teoría sintética de la evolución, fueron elegidos como Socios Honorarios
1939 El zoólogo estadounidense Robert Hegner (1880-1942) es designado Socio Honorario
1939 Inicia la publicación de la Revista de la Sociedad Mexicana de Historia Natural
1940 Ignacio González Guzmán (1898-1972), médico y biólogo nacido en Michoacán, inicia su período como presidente de la Sociedad
1942 El ingeniero químico José R. Alcaráz inicia su período como presidente de la Sociedad
1942 Lorande L. Woodruff (1879-1947), protozoólogo estadounidense, fue designado Socio Honorario.
1943 Selman Waksman (1888-1973), bacteriólogo de origen soviético, descubridor de la terramicina, fue designado Socio Honorario
1944 Luis Vargas inicia su período como presidente de la Sociedad
1945 El ingeniero agrónomo Julio Riquelme Inda, experto en control de plagas de insectos, inicia su período como presidente de la Sociedad
1945 La SMHN promueve la celebración del 50 aniversario de la muerte de Luis Pasteur en el Palacio de Bellas Artes
1946 Richard Goldschmidt (1878-1958), eminente zóologo alemán, fue designado Socio Honorario
1945 Cassiano Conzatti (1862-1951) fue elegido como Socio Honorario
1947 Cándido Bolívar inicia su período como presidente de la Sociedad
1948 Manuel Maldonado Koerdell (1908-1972) biólogo nacido en Mazatlán, Sinaloa inicia su período como presidente de la Sociedad
1950 José Joaquín Izquierdo (1893-1974), médico nacido en Puebla inicia su período como presidente de la Sociedad
1952 Benjamín Briseño inicia su período como presidente de la Sociedad
1952 Tom Gill (1891-1972), experto forestal estadounidense, fue designado como Socio Honorario
1952 Roger Heim. Micólogo francés fue designado como Socio Honorario
1952 Alexander Ivanovich Oparin (1894-1980), notable científico soviético fue designado como Socio Honorario.
1954 Rodolfo Hernández Corzo inicia su período como presidente de la Sociedad
1956 Ramiro Robles Ramos inicia su período como presidente de la Sociedad
1957 Manuel Ruiz Oronoz inicia su período como presidente de la Sociedad
1958 Enrique Rioja inicia su período como presidente de la Sociedad
1959 La SMHN comienza a sesionar en la sede del Instituto Mexicano de Recursos Naturales Renovables (IMERNAR, Dr. Vértiz No. 724)
1960 Efraím Hernández X. inicia su período como presidente de la Sociedad
1962 Alfredo Sánchez Marroquín inicia su período como presidente de la Sociedad
1964 Alfredo Barrera Marín inicia su período como presidente de la Sociedad
1966 Agustín Ayala-Castañares inicia su período como presidente de la Sociedad
1968 Eucario López Ochoterena inicia su período como presidente de la Sociedad
1968 La SMHN celebra una ceremonia conmemorativa por sus 100 años de existencia
1969 El zoólogo francés Pierre Paul Grassé (1895-1985) fue designado Socio Honorario
1971 Héctor Mayagoitia Domínguez inicia su período como presidente de la Sociedad
1972 Dimas Fernández Galiano (1921-2002), protozoólogo español, fue designado como Socio Honorario
1974 Jorge L. Tamayo, (1912-1978) geógrafo oaxaqueño, inicia su período como presidente de la Sociedad
1974 El protozoólogo alemán Karl G. Grell (1912-1994 ) fue designado como Socio Honorario
1974 John O. Corliss (1922-2014 ), protozoólogo estadounidense, fue designado como Socio Honorario
1974 Pierre de Puytorac (1926), distinguido protozoólogo francés, fue designado como Socio Honorario
1977 Primer Simposio sobre Regeneración Biológica, organizado por la Sociedad Mexicana de Historia Natural, la Facultad de Ciencias de la UNAM y la Universidad Autónoma Metropolitana-Iztapalapa (UAM-I). 29 y 30 de noviembre.
1979 Jorge Carranza Fraser, biólogo marino, inicia su período como presidente de la Sociedad
1979 La Sociedad Mexicana de Historia Natural entra en un segundo período de receso
TERCERA ÉPOCA
1984 Se constituye una nueva Mesa Directiva y la Sociedad Mexicana de Historia Natural reinicia actividades para entrar en su tercera época
1984 Roberto Gutiérrez Galera inicia su período como presidente de la Sociedad
1985 Guillermo Soberón Acevedo (1925) fue designado Socio Honorario
1986 Raúl Gío-Argáez inicia su período como presidente de la Sociedad
1986 11 de Diciembre. Se celebra en el Palacio de Minería la Ceremonia Jubilar de la Sociedad Mexicana de Historia Natural a fin de conmemorar los 50 años de existencia de la Sociedad Mexicana de Historia Natural en su segunda época
1986 Simposium sobre Diversidad Biológica de México.
1988 Congreso de Ecología Urbana en el Museo de la Ciudad de México.
1988 Actividades en la Casa de la Cultura en San Ángel.
1990 Actividades en el Instituto Nacional de Antropología e Historia.
1991 Simposium de 150 años de la Protozoología en México.
1992 Simposium sobre Diversidad Biológica de México en el Parque Ecológico de Loreto y Peña Pobre, Tlalpan.
1992 Ciclo de Conferencias Uso y Abuso de los Recursos Naturales
1993 Diversidad Biológica de México. Gío Argáez (ed). Publicación de la Sociedad Mexicana de Historia Natural. México, D.F. 427 pp.
1996 El Estado de Campeche y sus Recursos Naturales. Gío Argáez (ed). Publicación de la Sociedad Mexicana de Historia Natural. México, D.F. 247 pp.
1996 La Diversidad Etnográfica de Campeche. Publicación de la Sociedad Mexicana de Historia Natural. México, D.F.
1996 Publicación dedicada a Leonila Vázquez
1999 Año Internacional de los Océanos. Publicación sobre los Océanos de México. Dedicado a Agustín Ayala-Castañares.
2005 Catálogo de publicaciones de la Sociedad Mexicana de Historia Natural. Volumen 50.
2007 XVII Bienal de Real Sociedad Española de Historia Natural. Reunión de naturalistas de la Península Ibérica y de estudiosos de la naturaleza de México. 1 al 17 de julio, Unidad Académica UNAM Puerto Morelos, Quintana Roo, México
2009 Contribuciones metodológicas al conocimiento de los recursos naturales. Ayala, L., R. Gío Argáez, N. Trigo (eds). Publicación de la Sociedad Mexicana de Historia Natural con UNAM, UAM, ICML. México, D.F. 220 pp.
2010 La Sociedad se queda sin la sede en el Instituto Mexicano de Recursos Naturales Renovables (IMERNAR) ubicado en la calle de Dr. Vertiz en la colonia Narvarte de la Ciudad de México.
CUARTA ÉPOCA
2017 El 3 de abril se constituyó una nueva Mesa Directiva y la Sociedad Mexicana de Historia Natural reinicia actividades para entrar en su cuarta época. La reunión se llevó a cabo en la Sala Xitle de la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO). La nueva Mesa se constituye con Jorge Rickards como Presidente, Carlos Galindo Leal como Vicepresidente, Ignacio March como Secretario, Hernando Cabral como Tesorero, y Humberto Berlanga como Vocal.
2018 El 6 de septiembre se prepara la conmemoración de 150 años de la Sociedad, con la inauguración de la exposición 150 años de Historia Natural en México" en el Museo Nacional de las Culturas del Mundo.