Nací en la ciudad de México el 26 de mayo 1841. Mis padres fueron Antonio José Villada Bort y María del Pilar Peimbert Patiño. Fui el más grande de 6 hermanos, cuatro hombres (Antonio, Lamberto, Miguel y yo) y dos mujeres (Soledad y María del Pilar). Estudié “Latinidad y Filosofía” en el Colegio de San Juan de Letrán y posteriormente física, química e historia natural en la Escuela Nacional de Medicina, donde me recibí en 1863. Fue una época difícil en México con guerras españolas, inglesas y francesas en contra del gobierno del presidente Benito Juárez.

En 1864 participé en la Comisión Científica de Pachuca, proyecto del gobierno y de los intelectuales de la época para conocer las poblaciones humanas, la fauna y flora de la región del hoy estado de Hidalgo. Ese año llegó al puerto de Veracruz, Maximiliano de Habsburgo a tomar posición de emperador.

Me casé con Dolores Figueroa Fonte y tuvimos un hijo, José Ricardo quien se convirtió en perito agrícola en la Escuela Nacional de Agricultura. Fui padrino de bautizo del historiador, ingeniero y museólogo Jesús Galindo y Villa (1867-1937), al cual adopté cuando murió su padre.

Fuí miembro fundador de la Sociedad Mexicana de Historia Natural, creada en 1868, la cual fue una de las asociaciones científicas más importantes del siglo XIX. Dirigí y edité La Naturaleza, órgano informativo de la sociedad, durante todos los años que ésta existió (1890-1914) y fuí uno de sus autores más prolíficos.

También formé parte de otros centros educativos y de investigación científica como la Escuela Nacional de Agricultura, donde ingresé en 1868 y fui miembro de la sección de Historia Natural de la Academia Nacional de Medicina en 1886. Dirigí en 1881 el Instituto Científico Literario de Toluca y promoví la creación del primer Observatorio Meteorológico del estado de México.

Posteriormente, en 1886, ingresé al Museo Nacional donde me desempeñé como investigador y profesor de mineralogía, botánica, geología, paleontología y botánica. Además ahí aumenté la colección de fósiles y elaboré su primer catálogo.

La diversidad temática de mis trabajos fue muy amplia, y fueron dados a conocer en las publicaciones propias de cada institución de la que fui miembro. En especial me interesé por las propiedades medicinales de algunas plantas y por el estudio de las aves. Fallecí en 1924.